Предложенный психологией Я компромисс между теорией Фрейда и проявившимися в 40-е годы тенденциями к более резкому выделению формирующего влияния «реальности» показался ревизионистам чересчур «консервативным».

Ортодоксальный психоанализ в 40-е годы был вынужден вступить в борьбу не только с ревизионистами, но и с различными попытками модифицировать «классическую» психоаналитическую терапию.

В Чикаго Александер и его сотрудники уже начинали разрабатывать альтернативную концепцию и сокращенные формы терапии (Alexander, French et al. 1946). Группа во главе с Салливеном, создавшая в 1938 году собственный печатный орган (журнал «Psychiatry»), стремилась найти терапевтический подход к психотическим расстройствам и работала в русле «интерперсональной теории» Салливена, не укладывавшейся в рамки классической психоаналитической концепции. Разногласия с теоретическими и терапевтическими позициями Александера и Салливена сохранились в БРБ до 50-х годов.

Смещение интереса в сторону психологии Я (см. также статьи Вельдера, Нунбер-га, Федерна, Хендрика и Лёвенштейна), ставшее очевидным между 1930 и 1945 годами, привело к более детальному исследованию догенитального развития Я и влечений. Образцами обширной литературы, относящейся к этому времени, могут служить классические труды Фенихеля по психоаналитической теории неврозов (Fenichel 1934, 1941, 1945) и двухтомник Хелен Дойч «Психология женщины» (Deutsch 1944/45).

Еще двумя направлениями дальнейшего развития психоанализа в период между 1930 и 1945 годами явились наблюдение за детьми и психоаналитическая детская терапия (Мэрион Кенворти, Маргарет Риббл, Мэриан Патнем, Эдит Джексон, Беата Ранк, Элеанор Равенштедт, Эрик Эриксон), а также психосоматические исследования. Основной вклад в психосоматическую медицину внесли Феликс Дойч, Чикагская группа во главе с Александером (Френч, Маклин, Бенедек, Пирс и др.) и рабочая группа Фландерс Данбар в Колумбийском университете Нью-Йорка. Александер и Данбар в 1939 году организовали журнал «Psychosomatic Medicine*.

В 1946 году федеративный период БРБ завершился. Стремление более четко контролировать деятельность местных организаций, споры между «ортодоксальными», «либеральными» и «отклоняющимися» психоаналитиками, а также быстро возраставшее число членов БРБ делали реорганизацию БРБ неизбежной.

Местные объединения, согласно сообщению Найта (Knight 1953), уже не чувствовали себя способными справиться с новыми административными задачами и из-за внутренних конфликтов стремились отменить «географическое правило», допускавшее существование в каждом регионе лишь одного психоаналитического объединения и одного института. Сама БРБ после 1938 года стала практически недееспособной, поскольку требовалось дожидаться решения подчас нерадивых местных объединений прежде, чем представители объединений могли выработать решение БРБ.

В 1946 году произошла реорганизация БРБ. Отныне БРБ уже не имела федеративную структуру, а являлась объединением отдельных членов. Местные объединения — прежде «общества с правом голоса» — становились теперь «дочерними обществами». Все важнейшие функции управления, принадлежавшие местным обществам, делегировались БРБ и ее комитетам.

Впредь местные объединения должны были заниматься только «научными вопросами». Теперь БРБ посредством «Комиссии по делам учреждений», созданной «Советом по профессиональным стандартам», и «Ревизионной комиссии» не только контролировала создание новых объединений и учебных институтов, но и посредством «Комиссии по вопросам членства» определяла также прием новых членов в БРБ. Получив психоаналитическое образование, уже нельзя было автоматически стать членом БРБ, необходимо было пройти в ней дополнительную проверку.

Членство в БРБ и продолжало оставалось привилегией только врачей. В новый устав были перенесены основные принципы обучения и допуска специалистов.

«Географическое правило» было отменено. Теперь в одном регионе могли получить признание несколько объединений и институтов. Это привело к тому, что уже в 1946 году Вашингтонское психоаналитическое общество отделилось от Балтиморского, а Лос-Анджелесское психоаналитическое общество — от Психоаналитического общества Сан-Франциско. Ассоциация психоаналитической медицины и ее институт, Колумбийская клиника, получили признание новой БРБ в том же 1946 году.