В 1928 году Гартманн женился на Доре Карплюс, детском враче, которая затем также стала психоаналитиком. Два его сына, Эрнст и Лоуренс, жили в Вене, откуда в 1938 году эмигрировали вместе со своими семьями. В 1941 году Гартманн приехал в Нью-Йорк, после чего некоторое время жил в Париже, Женеве и Лозанне. Там он продолжил свой путь, начатый в Вене и Париже, в качестве обучающего аналитика в Психоаналитическом институте Нью-Йорка, а в 40-е годы занимал в нем многие почетные должности. Вместе с Анной Фрейд и Эрнстом Крисом он стал основателем и издателем журнала «Psychoanalytic Study of the Child». В 1952-1954 годах он был президентом Нью-Йоркского психоаналитического общества, с 1951 года по 1957 — президентом Международного психоаналитического объединения, а с 1959 года и до своей смерти в 1970-м — почетным президентом этого общества (Eissler, Eissler 1966).

Особого упоминания заслуживает история плодотворного сотрудничества Гартманна с Эрнстом Крисом и Рудольфом Лёвенштейном: в 1945-1962 годах они совместно опубликовали ряд важных работ, которые либо внесли вклад в развитие идей Фрейда, либо благодаря более точным и приближенным к практике формулировкам конструктивным образом их модифицировали. Дружба Гартманна с Крисом началась в Вене, а затем они снова встретились в 1941 году в Нью-Йорке. Лёвенштейн, Который познакомился с Гартманном в Париже, в 1942 году также приехал в Нью-Йорк, где стал преподавать в психоаналитическом институте. Когда Лёвенштейн присоединился к своим коллегам, они уже работали в новой Школе социальных исследований и в Нью-Йоркском психоаналитическом институте и организовали регулярные, основанные на клиническом опыте дискуссии с намерением выяснить, каким образом можно развивать психологию Я и какое место занимает Я в психоанализе.

Основной интерес Лёвенштейна был связан с оценкой данных, получаемых в процессе психоанализа. Этот интерес заметно проявляется во многих совместных публикациях и в работах, написанных Лёвенштейном самостоятельно. Крис, считавшийся одним из самых изобретательных и элегантных стилистов, часто брал на себя функцию формулировки окончательного варианта их совместных усилий. Влияние Гартманна заключалось в том, что он определял тему, уточнял ее и стимулировал. Это часто давало новый импульс ученым, занимавшимся непосредственным наблюдением за детьми, экспериментальным психоанализом или исследованием нормального функционирования индивидов и групп. Общими усилиями Гартманн, Крис и Лёвенштейн пытались свести воедино в рамках структурной теории различные, значительно отличающиеся друг от друга представления о Я, его функциях, развитии и роли. Они подчеркивали значение генетического подхода при формулировке психоаналитических гипотез, особенно при изучении формирования психических структур. Ими подробно обсуждались роль агрессии, представления о нейтрализации энергии с точки зрения функционирования Я, а также то место, которое психоаналитическая теория занимает среди других наук, а их совместные усилия способствовали значительному прогрессу в достижении изначально поставленной Фрейдом цели — превратить психоанализ в общепсихологическую теорию.